Phương pháp giải:

Phương trình elip \(\left( E \right)\) có dạng: \(\frac{{{x^2}}}{{{a^2}}} + \frac{{{y^2}}}{{{b^2}}} = 1.\)

Elip đi qua hai điểm cho trước, ta thay toa độ vào phương trình elip giải ra ta được \({a^2},\,\,{b^2}.\)

Lời giải chi tiết:

Giả sử phương trình elip \(\left( E \right)\) có dạng \(\frac{{{x^2}}}{{{a^2}}} + \frac{{{y^2}}}{{{b^2}}} = 1\).

Vì elip \(\left( E \right)\) đi qua điểm \(M\left( {0;\,\,3} \right)\) và \(N\left( {3;\,\, - \frac{{12}}{5}} \right)\) nên ta có:

\(\left\{ \begin{array}{l}\frac{{{0^2}}}{{{a^2}}} + \frac{9}{{{b^2}}} = 1\\\frac{9}{{{a^2}}} + \frac{{144}}{{25{b^2}}} = 1\end{array} \right. \Leftrightarrow \left\{ \begin{array}{l}{b^2} = 9\\\frac{9}{{{a^2}}} + \frac{{144}}{{25{b^2}}} = 1\end{array} \right. \Leftrightarrow \left\{ \begin{array}{l}{b^2} = 9\\{a^2} = 25\end{array} \right.\)

Vậy phương trình elip \(\left( E \right)\) là: \(\frac{{{x^2}}}{{25}} + \frac{{{y^2}}}{9} = 1.\)

Chọn B.